En vue d’atteindre ses objectifs, la FENADEB est partenaire de plusieurs institutions étatiques y compris les ministères techniques, les organisations non gouvernementales tant nationales qu’internationales. .

Actuellement les institutions suivantes collaborent étroitement avec la FENADEB dans la mise en œuvre de ses opérations sur le terrain :

• La Commission Nationale Indépendante des Droits de l’Homme (CNIDH) ;
• Les Organisations de la Société Civile (OSC) burundaise œuvrant dans le domaine de l’enfance ;
• L’Organisation Internationale des Migrations (OIM) ;
• La police des mineurs ;
• Le Fonds des Nations Unies pour l’Enfance (UNICEF) ;
• World Vision International Burundi ;
• Save the Children International ;
• Internet Watch Foundation (IWF) ;
• Ending Child Prostitution and Traffic (ECPAT).